Hari Kesehatan Nasional pertama kali diperingati pada 12 November 1964. Peringatan tersebut untuk merayakan keberhasilan memberantas wabah malaria saat itu.
Pada era tahun 50-an, penyakit malaria banyak diderita masyarakat indonesia. Malaria saat itu merenggut ratusan ribu jiwa. Untuk memberantas malaria di seluruh penjuru tanah air, pemerintah membentuk Dinas Pembasmian Malaria pada 1959.
Pada Januari 1963, dinas itu berganti nama menjadi Komando Operasi Pemberantasan Malaria (KOPEM). Pembasmian malaria dilakukan dengan menggunakan insektisida Dichloro Diphenyl Trichloroethane (DDT).
Insektisida itu disemprotkan secara massal ke rumah-rumah di seluruh Jawa, Bali, dan Lampung. Penyemprotan secara simbolis dilakukan oleh Presiden Soekarno pada tanggal 12 November 1959 di Desa Kalasan, Sleman, DIY.
Kegiatan saat ini penyemprotan DDT juga dibarengi dengan memberikan penyuluhan tentang kesehatan kepada masyarakat. Lima tahun kemudian, sekitar 63 juta penduduk telah mendapat perlindungan dari penyakit malaria.
Sejak itulah tanggal 12 November 1964 diperingati sebagai Hari Kesehatan Nasional (HKN) pertama.
